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實驗案例
首頁 實驗案例 這款非接觸超聲波DNA打斷儀幫你輕松搞定ChIP實驗!
2025/3/19 9:04:15
這款非接觸超聲波DNA打斷儀幫你輕松搞定ChIP實驗!
來源:上海凈信

ChIP實驗原理:是在活細胞狀態下固定蛋白質-DNA復合物,并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段,然后通過免疫學方法沉淀此復合體,特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段,通過對目的片段的純化與檢測,從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。

1.細胞交聯 Crosslinking

目的:通過甲醛交聯將蛋白質與DNA結合固定,形成穩定的復合物。

步驟:向細胞培養基中加入甲醛(通常濃度為1%),孵育10-15分鐘。加入甘氨酸終止交聯反應。收集細胞,用預冷的PBS洗滌

2.細胞裂解 Cell Lysis

目的:裂解細胞,釋放染色質

步驟:使用含有蛋白酶抑制劑的裂解緩沖液裂解細胞。

離心收集細胞核。

3.染色質打斷 Chromatin Shearing

目的:將染色質打斷成200-1000 bp的片段,便于后續免疫沉淀。

步驟:(注意打斷后需通過瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀檢測片段大小。)

超聲打斷:使用超聲儀將染色質打斷。

酶解法:使用微球菌核酸酶(MNase)消化染色質。

4.免疫沉淀 Immunoprecipitation, IP

目的:利用特異性抗體捕獲目標蛋白-DNA復合物。

步驟:將染色質片段與目標蛋白的特異性抗體孵育(通常過夜)。加入Protein A/G磁珠或瓊脂糖珠,捕獲抗體-蛋白-DNA復合物。洗滌磁珠,去除非特異性結合。

5.解交聯 Reverse Crosslinking

目的:釋放DNA,便于后續分析。

步驟:加入含有蛋白酶K的解交聯緩沖液,65℃孵育數小時或過夜。加熱使蛋白質變性,釋放DNA。

6.DNA純化 DNA Purification

目的:純化DNA,去除蛋白質和RNA。

步驟:使用酚-氯仿抽提或商業化的DNA純化試劑盒。通過乙醇沉淀或離心柱法回收DNA。

7.DNA分析 DNA Analysis

目的:檢測目標DNA片段。

方法:qPCR:定量檢測目標DNA片段的富集程度。

測序(ChIP-seq):高通量測序分析全基因組范圍內的蛋白質結合位點。

ChIP實驗的關鍵點:

抗體特異性:抗體的質量直接影響實驗結果,需選擇經過驗證的高特異性抗體。

染色質打斷:片段大小需控制在200-1000 bp,過大或過小都會影響免疫沉淀效率。

對照設置:包括Input對照、IgG對照等,確保實驗結果的可靠性。

ChIP實驗雖然步驟較多,但通過優化條件和選擇合適的工具(如高效的DNA打斷儀),可以顯著提高實驗效率和成功率。

傳統超聲打斷法存在諸多痛點:

操作繁瑣,耗時耗力:需要反復摸索超聲條件,耗時長達數小時。

樣本損失大,重復性差:超聲過程中容易產生熱量,導致樣本降解,實驗結果不穩定。

難以處理微量樣本:傳統方法對樣本量要求高,難以滿足微量樣本的實驗需求。

別擔心!這款凈信DNA打斷儀,專為ChIP實驗量身打造!

高效便捷,省時省力:采用獨特的非接觸超聲波DNA打斷技術,利用超聲波的能量,通過非接觸的方式對DNA樣品進行打斷,從而得到所需的DNA片段,效率提升數倍!

①溫和打斷,保護樣本完整性: 精確控制能量輸出,避免熱效應,最大程度保護DNA完整性,確保實驗結果準確可靠。

②微量樣本,輕松應對:可處理微量樣本,滿足各種實驗需求。

③這款DNA打斷儀,不僅是ChIP實驗的得力助手,還可應用于:下一代測序(NGS)文庫制備、DNA片段化分析、DNA蛋白質相互作用研究。

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